若手捕快・小魚は左遷され、幽冥司監獄に配属される。そこで伝説的大盗の不可解な失踪事件に巻き込まれた彼は、検屍官の阿阮、監獄長の厳鉄鎖とタッグを組み調査を開始する。やがて監獄が上古の時代から神孽「穢気」を封印する地であることを知る三人は、執念で陰謀を挫き、封印を修復しながら、人間界の均衡を守る異色の鎮守者となっていく。