「フランケンウィニー」は、バートンが1984年に撮影した同名の短編映画を原作としており、バートンが制作に参加した初のディズニーアニメーション作品でもある。 　　本作は白黒のストップモーション・アニメーションで撮影され、後に3D形式に変換された。物語に合わせて、200体以上のパペットと小道具が制作されている。 　　少年ヴィクターの愛犬スパーキーが車に轢かれて死んでしまい、彼は深く悲しむ。学校の授業で、教師が電気ショックでカエルの神経を痙攣させる実験を行った際、彼は自分の小狗を蘇らせるひらめきを得る。そして夜、彼は空から雷を引き寄せて小狗の亡骸に電気ショックを与え、復活させる。蘇生した小狗は少年の家の近所の人々を怖がらせ、彼らはこの犬を怪物と見なす。近所の人々が犬を追いかけるうち、犬と少年は小さな小屋に追い詰められ、誤って彼らを焼き殺しそうになる。しかし、小狗は少年を救い出し、自らは死んでしまう。近所の人々と少年の両親はこれに感動し、再び犬を蘇らせることを決意する。彼らは自動車のエンジンで電気を発生させ、再びこの犬を蘇らせる……