劇場版三部作のDVDは2000年12月21日に「特別版」として発売された。シリーズ初の商品化ではあるが、特別版として発売される際、映像は劇場版のまま維持し、音響面では富野本人の監修により、ドルビーデジタル5.1chに対応する全面アップグレードが施された——オリジナル声優（一部キャラクターを除く）による再録音、効果音と背景音楽の全面刷新を含む。しかし、このバージョンは「原作のイメージを著しく損なっている」と熱心なファンから厳しい批判を受け、その後2007年12月には劇場版初公開時のオリジナル音声版DVDが再発売された。