遠い沼地に、怪物と呼ばれる怪力の持ち主シュレックが住んでいた。彼は孤独を好み、気性は荒いが心優しい。邪悪で小柄なファークアード卿によって彼の家の近くの森に追いやられたたくさんの童話の登場人物たちを追い払うため、シュレックはファークアードと取引をする──塔に囚われた美しいフィオナ姫を救い出せば、ファークアードは彼の静かな沼地を返し、フィオナ姫と結婚したファークアードは王位に就けるという。シュレックはおしゃべりで口を止めないロバと出会い、パートナーとなって姫の救出に向かう。 怪物シュレックは火竜を倒すが、火竜はロバと恋に落ちる。姫を救い出し帰る途中、シュレックはフィオナに想いを寄せるようになる。しかしロバがまず美しい姫の秘密を発見する──実はフィオナ姫は恐ろしい呪いにかかっており、夜になると呪いが発動して怪物の姿に変身し、夜明けまで元に戻れないのだ。王と王妃はこのことを知り妖精ゴッドマザーに助けを求めたが、姫を高い塔に閉じ込め、勇敢な白馬の王子が救出しキスをすることで呪いが解け、永遠に元の姿に戻れると告げられた。 ロバがこの秘密を知った夜、シュレックはフィオナに愛を告白しようとするが、誤って二人の会話を盗み聞きしたことで、フィオナが自分の怪物の姿を嫌っていると誤解し、告白を諦めてしまう。 シュレックがフィオナをファークアードに引き渡した後、彼は静かな沼地の家に戻るが、ロバが真実を告げると、彼は姫を取り戻す決意をする。火竜の助けを借りて、シュレックはついにファークアードを打ち負かし、フィオナ姫の心を再び勝ち取る。しかし彼がフィオナにキスをしたとき（シュレックは白馬の王子ではないため）、フィオナは元の美しい姿には戻らず、永遠に怪物の姿のままとなった。だがそれはシュレックの彼女への愛に何ら影響を与えなかった。こうして二人は幸せに暮らした。