迫り来る災難に直面し、動物たちは救いを「神話の箱舟」に託す。しかし問題は、箱舟を操縦できるのは蛇族だけであり、蛇たちはすでに理想郷「ユートピア」へと逃げ去っていたことだった。動物たちを救うため、喜羊羊と灰太狼はユートピアへ向かい、蛇たちに協力を懇願する旅に出る。その過程で彼らは友情を育み、蛇たちは協力を承諾する。しかし喜羊羊と灰太狼は、自分たちの故郷を守るため、最後まで残ることを決意するのであった。