ゲノセクトの故郷はもうない。三億年後、古生代ポケモンがかつて暮らした雪山はもはや住める場所ではなくなっていた――しかし、その種族が全滅したわけではなかった。数体の個体がまだ生き残り、新たな住処を必死に探していた。色違いのゲノセクトに率いられ、伝説のポケモンミュウツーを伴って、放浪する彼らはニュー・トークシティにたどり着く。 街の高層ビル群をかつての生息地と似た環境と認識したゲノセクトたちは、街の中心部を占拠し、他のポケモンを追い出し、市民の存在を脅かし始める。その上、ゲノセクトのリーダーはミュウツーと狡猾で神速の決闘を繰り広げ、街全体を破壊しかねない状況に陥る。サトシとその仲間たちは、街を救い、争うポケモンたちを和解させるために立ち上がるのだ。 [Written by MAL Rewrite]