遥か遠い未来、銀河の果て。人類は異形の怪生命体と生存をかけた戦いを繰り広げていた。激戦の中、少年兵レドと彼が乗る人型機動兵器チェンバーは、不可解な時空に飲み込まれてしまう。人工冬眠状態から次第に目覚めたレドが辿り着いたのは、忘れ去られた辺境の惑星――地球だった。 海に囲まれた地球は今や一面の水に覆われ、地上の人々は巨大な船に乗り移動しながら、海底に眠る旧文明の遺物を引き揚げて生き延びていた。船団に救助されたレドは、その中の一隻である大船ガルガンティアへと迎え入れられる。しかし、言語や文化、習慣の違いから、レドは未知の環境に大きな戸惑いを覚える。それでも、避けられぬこととして、彼はガルガンティアの人々――少女エイミーも含めて――との共生の道を学ばなければならなかった。かくして、戦いとは違う、驚きに満ちた翠星での生活が始まる！