ペットショップの店主・葉三は、娘の初葉を喜ばせようと、とてつもなく奇妙で神秘的な卵を大金をはたいて購入し、自ら五更龍寶寶の孵化を代行した。ほどなくして、可愛い「赤ちゃん」——五更が誕生した。意外にも、いたずら好きの五更は恐竜の赤ちゃんであり、五更龍寶寶が生まれた直後に最初に五更の目に映った初葉は、五更のママとなった。わんぱくな五更は高谷商店街を大騒ぎに巻き込むが、唯一それを止められるのは「ブルーベリージャム」だった。博士のタイムマシン実験により、初葉や五更たち一行、そして高谷商店街全体が不可解にもジュラ紀に巻き込まれ、彼らは新たな冒険生活を始める。その後、ようやく現実世界に戻る希望が見えてきたが、恐竜島がダークボーイに占領され、暗く恐ろしい世界と化してしまう。