漆黒の夜、悪のロイヤルフラッシュは新技術を駆使して銀行に侵入し、貴重なダイヤモンドを強奪しようとするが、激戦の末、バットマン（声：ケビン・コンロイ）、スーパーマン（声：ティム・デイリー）、ワンダーウーマン（声：スーザン・アイゼンバーグ）、グリーンランタン（声：ネイサン・フィリオン）、マーシャン・マンハンター（声：カール・ランブリー）、フラッシュからなるジャスティス・リーグによって一網打尽にされる。しかし、その先進技術の出所については、ジャスティス・リーグも手がかりを見つけられずにいた。 一方、チーター、ミラーマスター、スターサファイアなどの大悪党たちは、謎の男ヴァンダル・サベージ（声：フィル・モリス）と接触する。8万年以上生き続け、幾度も歴史に名を刻む支配者となってきたサベージは今、世界を破壊し支配することを企んでいた。そして、彼の前に立ちはだかる最大の障害こそがジャスティス・リーグなのである。彼は悪党たちを集め「ドゥーム・リーグ」を結成し、ジャスティス・リーグに新たな挑戦を仕掛けるのだった…。 本作は、コミックで有名な「バベルの塔事件」を原作としている。