ロイドとニャがニンジャゴーシティを支配するガーマドン皇帝の圧政に抵抗する一方、若きウーと他のニンジャたちは野蛮な領域に取り残され、凶暴なドラゴンたちがアイアンバロンと彼のドラゴンハンター一味に狩り立てられていた。ロイドはニンジャゴーシティで耐え忍び、他の者たちは伝説のドラゴンアーマーを見つけ出さねばならない。もし故郷に戻り、ガーマドン皇帝を永遠に止める望みがあるならば。