戦国乱世の時代、とある地方の領主が狩又貞義の戦力を探るため、密かに派遣された忍者がいた。しかし、任務を遂行する途中で事が露見し、狩又の精鋭忍者部隊『不死の忍』に敗れる。巨大な荷物を背負った女、文渡蘭菊は、伝説の忍者・加藤段蔵を探し求めていた。その途中、追われる身の下忍『睚弥三郎』と出会い、復讐の物語が幕を開ける……