イージス艦が、先日不審船が目撃された舞鶴湾で一般公開演習を実施していた。ちょうどそのイベントに招待された江戸川コナン、毛利蘭、毛利小五郎、鈴木園子、少年探偵団。しかし、軍事作戦の最中、乗組員の一人が、ある左腕だけの遺体を発見する。コナンは後に、外国のスパイが極秘情報を入手するために軍艦に潜入している可能性があることを知る。情報が漏れた場合、日本の防衛ラインが露呈し、敵対勢力からの攻撃に対して無防備になってしまう。 海上では警察の協力を得て、本土では他の仲間たちが調査を進める中、コナンは今、この国家的危機を防ぎ、日本のためにスパイを特定しなければならない。 [Written by MAL Rewrite]