平和なユベンタ暦2500年。ユベンタの歴史には、古来より空に浮かぶ四つの月が一つに重なる日、全ては最初に戻るという不穏な伝説が伝わっている。この伝説に対する答えを持っているのは、天地創造の時から伝わるとされる神秘的な力を持つマジェンタ石二つ。このマジェンタ石の強大な力に惹かれたデルタス帝国のクルーガーは、イスティン王国に代々伝わるマジェンタ石一つを狙い、大規模な侵攻を敢行する。この事件により、イスティン王国の国王と共にイスティン王国は滅亡を迎える。しかし国王の迅速な対応により、辛うじてマジェンタ石を持って脱出したアデル姫は、マッソーネの追撃に自らのマジェンタ石を奪われ、飛行艇は墜落してしまう。時を同じくして戦争を避け遊牧民たちと移動中のライアンは、そんなアデルを発見し事件の経緯を知る。そこで自分が最後の戦士の末裔であるシャサン族の一員であることを知り、そのシャサン族を滅ぼしたのがデルタス帝国であることに怒りを覚え、ユベンを守るためアデルと共にマジェンタ石を取り戻す旅に出る。ライアンは親友のカリップを加え、飛行機でクルーガー総督の飛行艇に潜入し、奪われたマジェンタ石を取り戻そうとするが、逆にアデル姫が人質に取られてしまう。