ブーブーたちは武林星からブーブー星へ戻り、すべてのワールドブロックを返却し、ブーブー星を復元する任務を続行する。しかし、独孤はこれを阻止すべく、世界エンジンを利用してワールドブロックとブーブー星を強制的に融合させ、ブーブー星の環境をさらに悪化させてしまった。それだけでなく、彼はブーブーたちの仲間を変異戦士に改造し、ブーブーたちに対抗させようとする。だが、ブーブーたちは常にその善良さ、勇敢さ、機知、そして誇り高いカンフーの力で様々な危機を乗り越え、変異した仲間たちを目覚めさせ、ついに世界エンジンの停止に成功する。たとえ悪党たちが自ら手を下し、あらゆる絶望的な状況を作り出しても、ブーブーたちは結束と努力によって常に危機を脱出する。最後に、ブーブーたちは独孤を完全に打ち倒し、すべてのワールドブロックを返却。ブーブー星は元通りの姿を取り戻した。