天川志保は中学校に通う２年生の女の子。いつものように急いで学校へ向かう途中、道端で輝くペンダントを拾った。その日の帰り道に友達の友巴と帰っていると突如未知の生命体が街を破壊し始め友巴が巻き込まれた。ペンダントの持ち主だという不思議な生き物『フィリア』にペンダントを使って魔法少女『ステラ』になれば友巴を助けられると言われ……？