オリジナルアニメシリーズの続編では、看板教師のヴァレリー・フリズル（現在はフリズル教授）が博士号を取得し、ウォーカービル小学校での教職を引退します。その後、彼女は妹のフィオナ・フリズル先生をクラスの教師として雇い、マジック・スクールバスの鍵を譲り渡します。子供たちは、ワクワクする新たな課外学習に出発し、新たな場所、生き物、時代などを発見しながら科学の驚異を学び、その名も「マジック・スクールバス」に乗って、視聴者にも道中で教育を届けます。