『BLUE DRAGON 天界の七竜』の事件後、シュウとブーケはロージ将軍の侵攻軍と戦うレジスタンスに加わる。彼らは、シュウの影獣ブルードラゴンを復活させる力を持つ謎の子供ノイと出会い、赤いドラゴンの追跡から彼女を救う。今、シュウと仲間たちは、竜たちの目的を探り、試練に立ち向かい、人類の命運を脅かす連鎖を断ち切るため、再び旅立たなければならない。