U.C.（宇宙世紀）0079年、人類は宇宙へ進出し、複数の巨大な衛星を建設し、人々が宇宙で居住できるようになった。衛星の住民たちは地球連邦政府による搾取と圧政に耐えかね、独立を宣言し、軍隊を組織して地球連邦政府と雌雄を決することとなった。戦争の中で両陣営は相次いでモビルスーツを開発し、戦場に投入した。ニュータイプの少年アムロ・レイは偶然にも連邦軍が新開発したモビルスーツ「ガンダム」に乗り込み、後に「一年戦争」と呼ばれる戦いに巻き込まれ、その宿敵シャア・アズナブルと出会う。