幻影怪を倒し、自分たちの故郷エメラルドベイを守るため、レインボーベアのベリー、ミミなど6人は、ハッピージャングルの奥深くにある「レインボーベアエネルギー学校」へと向かい、技術や科学、自立した生活を学びます。学校での日々、生徒たちは先生たちからの任務チャレンジに取り組む一方で、幻影怪の度重なる妨害や攻撃にも立ち向かわなければなりません。やがて、レインボーベアのベリーたち6人は見事に幻影怪を打ち倒すのでした。