ニンジャバットマンと仲間たちが過去から帰還したわずか一日後、彼らは世界が去った時の姿ではないことに気づいた。日本列島全体が消え去り、ジャスティスリーグのヒーローたちも一斉に姿を消していた。しかし彼らが状況を整理する間もなく、さらに奇怪な出来事が次々と起こる──ヤクザの構成員たちが空から降り始めたのだ。