『アニマトリックス』は、『マトリックス』シリーズの世界観を基に展開された9本の短編で構成される。各作品は異なる視点とスタイルを持ち、日本、アメリカ、韓国を代表するアニメーションの精鋭たちが制作に集結した。「ザ・セカンド・ルネサンス」はMATRIXの歴史を描く。劣悪な扱いを受けたロボットたちがついに反旗を翻し、人類をエネルギー源へと変える。「キッズ・ストーリー」では、ネットワークからの呼びかけを受けた少年が、多数の黒服による追跡に晒される。「プログラム」は仮想訓練プログラムに臨む男女の断片を映し出す。「ワールドレコード」は、人類の限界に迫る短距離走者が、システムによって完全に支配される瞬間を描く。「ビヨンド」では、システムエラーにより、平穏な街に異常領域が出現する。「デテクティブ・ストーリー」は、システムの束縛から逃れようとする探偵の姿を追う。「マトリックス化」は、捕獲され飼いならされる一機のロボットの物語。「ファイナル・フライト・オブ・オシリス」は、一隻の宇宙船が破滅する経緯を記録する。