大統領直属のエージェント、レオン・S・ケネディは、内戦が続く東欧の小国、東スラブ共和国で実戦に生物兵器が使用されているという情報を得て、単身現地調査に向かう。その後、アメリカは同国からの撤兵を決定し、レオンにも撤退命令が下される。しかし、真相に迫っていたレオンは、生物兵器による一連の惨劇を食い止めるため、命令を無視して単身戦場に飛び込み、最も苛酷な一日を戦い始める…