物語は、普通の高校二年生である五河士道がある日突然遭遇した大爆発の中で、鎧を身にまとい大剣を手にした神秘的な美少女が現れる。実はこの少女の正体は「精霊」であり、世界に壊滅的な災いをもたらす存在で、彼女の再出現は地球に破滅的な未来をもたらす！しかし主人公の士道には世界の滅亡を阻止する方法があり、その唯一の手段とは――彼女とデートをすることだった！