超ミニ戦士と超々ミニ戦士が協力し、足し算・引き算・掛け算・割り算の力を駆使して、全ての悩み星人を悩みタマゴに戻すことに成功した。しかし新たな悩み星人「悪果大王」が登場し、想女皇と萌の暴走する力によって、超ミニ戦士と悩み星人は頻繁に人間に変身させられてしまう。一方、狂気の旋女ベイビーが再び騒動を起こし、超トラブル戦士はさらに大問題を引き起こす。正エネルギーの女娃博士は、超ミニ戦士と超々ミニ戦士を率いて心を一つにし、悩みとトラブルを打ち破り、人類を救う。