2004年に発表された士郎正宗の漫画を原作とする第二作目のアニメーションであり、アニメーションを極限まで追求したもう一つの映画作品である。押井守の『攻殻機動隊2』が2Dスタイルを強調したのとは異なり、『APPLESEED』は観客を生き生きとした3D世界へと完全に引き込む。両作品は似たテーマを扱っているが、後者は明らかにエンターテインメントを重視し、オープニングから惜しみなくクールさを貫き通している。 西暦2131年、非核大戦によって地球は廃墟と化した。デューナは外部との連絡を絶たれ、戦争が終結したことを知らず、依然として敵を探し求め戦い続けていた。戦闘中、デューナは敵のサイボーグに包囲され、危機的状況に陥る。その時、彼女の元恋人ブリアレオスが突然現れる。何が起こったのか理解できないまま、麻酔弾を受けたデューナは意識を失う。ブリアレオスは美しいヒトミと共に、デューナを神秘的なユートピア・オリンポスへと連れ去った。 実際、ブリアレオスはもはや完全な人間ではなく、彼はデューナに起こった一切を語る：北アフリカ前線で重傷を負ったため、損傷した身体部分をすべて交換しなければ生き延びられなかったのだ。つまり、現在のブリアレオスはサイボーグ化された電子人間であり、身体の75％が機械で構成されている。デューナはさらに、オリンポスが新世界の中心となっており、この新理想郷は政治的な空白により不安定な状態にあることを知る。 デューナはすぐにこの平穏な都市の新たな一員となり、ヒトミは彼女に都市の概要を理解させようと努める。市民たちの穏やかで満足した表情を見たデューナは、この都市の平穏に疑念を抱く。しかし、その感覚はすぐに衝撃に変わる。ヒトミは率直に平和の真実を告げる：オリンポスに住む模範的住民の大半はクローン改良人間であり、ヒトミ自身もその一人なのだ。クローンシステム「バイオロイド」は人類の福祉と社会の安定性を促進するために存在する。 ヒトミとデューナが立法機関を訪れると、彼女たちはこの都市の運営メカニズムを目にする：七賢老がスーパーコンピューター・ガイアとの対話を通じて、「意思」の指令によってオリンポスの方向性をコントロールしている。この一見効果的な方法の下、改良人間は国家安定の要となっている。七賢老は人類の運命に大きく影響する秘密計画を進めており、軍部では改良人間に抵抗する勢力も台頭しつつある。そしてブリアレオスも、彼らの破壊活動を支援しているようだ。 なぜブリアレオスは考えを変えたのか？バイオロイドシステムは信頼できるのか？オリンポスは理想郷か、それとも悪夢か？人類と改良人間は共存できるのか？デューナは武器を手に取り、自らの力で答えを探さなければならない。