『鹿精灵』シーズン1の物語背景を踏まえ、シーズン2『鹿精灵之寻找兵马俑』のストーリーは、調和に満ちた五州大陸から再び始まります。この時、ディルはすでに霊木州の新たな鹿王となりましたが、さらに大きな試練が彼と仲間たちを待ち受けていました。今、ディルが直面する最大の敵は、自然のバランスを破壊する闇の武士と邪悪なダーククイーンです。闇の武士はナノ虫を率い、ダーククイーンと共に史上最強のバイオメカニカル恐竜を生み出し、五州大陸を再び支配しようと企んでいます！ これほど強大な敵を打ち倒すため、ディルと仲間たちは兵馬俑の少年・陶の助けを借り、伝説の兵馬俑軍団を求めて、再び五州大陸への冒険の旅に出発します。