デジタルワールドは戦争状態にあり、邪悪なバグラ軍がコードクラウンの欠片を集めようとしている。108個すべての欠片を集めた者が、デジタルワールドの王となる。バグラ軍と呼ばれる悪のデジモンたちは、コードクラウンを手に入れることを決意している。 『デジモンクロスウォーズ』は、サッカーを愛する中学生・工藤タイキを主人公とする。彼は困っている人を放っておけない性格だ。ある日、友人の陽ノ本アカリと剣ゼンジロウと一緒にいるとき、助けを求める声を耳にする。状況を確かめに向かったタイキは、近くの路地で重傷を負ったデジモン・シャウトモンと出会う。クロスローダーと呼ばれる不思議なデバイスの力で、タイキはシャウトモンの命を救うが、アカリやゼンジロウと共にデジタルワールドへと引き込まれてしまう。 邪悪なバグラ軍の野望を阻止すべく、タイキと仲間たちはシャウトモンや地元のデジモンたちと手を組み、自らの軍隊「クロスハート」を結成する。今やクロスハートは、コードクラウンの欠片を集め、バグラ軍を打ち倒すためにデジタルワールドを戦いながら進まねばならない。しかし、この怪物たちの戦争に巻き込まれた人間は、タイキたちだけではない…