森の天真爛漫で可愛らしい子象ホートン（キム・キャラル声優）は、毎日の憂いない生活を楽しんでいた。しかしある日、驚くべき発見が彼の生活を一変させ、さらには全ての動物たちの目に映る彼の愛らしいイメージまでも変えてしまう。 微小な塵の上の「フーヴィル」の住民たちは穏やかな暮らしを送っていたが、ある日突然、果実に衝突され、その「小さな世界」ごと空中に放り投げられ、一本のピンク色のクローバーの花に漂着する。そしてこの「微小な世界」から発せられたかすかな救いの声が、何と巨体の象ホートンに聞き取られたのだった。これによりホートンは、この「小さな塵」の中に生命が存在すると確信し、自身の方法で小さな世界「フーヴィル」の「市長」（スティーブ・カレル声優）と独特な交流を始める。塵の中の微小世界の住民たちを救うため、ホートンは全ての動物たちに嘲笑される現実を覚悟の上で、「幻想症患者」の汚名を背負いながら、「フーヴィル」を彼らが属する世界へと送り返す決意をする…