ブルーリング市は空前の危機に直面している。ハンバーガー軍団が街中で暴れまわり、道路や建物を破壊し、市民たちを苦しめている。しかし、ミニ特工隊は激しい内部対立を起こしていた。隊長のフォレが偶然ハンバーガー店のスーパーモデルになってしまい、ミニ特工隊の集団任務との両立が難しくなったためだ。ミーとフォレは激しい口論になり、フォレはミニ特工隊からの脱退を宣言し、仲間たちと不和のまま別れてしまった。ハンバーガー店のオーナーであるキム氏はさらにこう付け加える：「良い友達同士は、お互いに励まし合い、支え合うべきだと思う」。危機の最中、フォレはついに過ちに気づき、戦闘に復帰。ミニ特工隊は再び集結し、肩を並べて戦うことができた。ハンバーガー怪人隊長を連携して倒した後、事件の背後に潜む真の黒幕がついにミニ特工隊の前に現れる……