宇宙世紀(U.C.)0093年、ネオ・ジオンの総帥となったシャア・アズナブルは、なおも地球の重力に魂を縛られ続ける人類に絶望し、苛烈な手段による粛清を決意する。これを察知した地球連邦軍のエースパイロット、アムロ・レイは、所属するロンド・ベル艦隊と共に、シャアが率いるネオ・ジオン軍との最後の決戦に臨む…