「自分だけの宝物」とは、一体なんなのだろう。 物語の舞台はパルデア地方。色とりどりの自然が広がり、人とポケモンが共に暮らす地である。 「新入生や編入生に向けて、学院の良さを伝える映像を作ってほしい」 ある日、3人の生徒が学院長クラベルからそんな依頼を受けた。 吹奏が得意だが、演奏会のプレッシャーから逃げたい内気な性格のオリーヴ。 ポケモンバトルが大好きで、ネモにどうしても勝ちたいという頑固な性格のエリキシス。 スクープにこだわりすぎて周りに迷惑をかけてしまう天真爛漫な性格のホーマー。 それぞれが自分のことで精一杯で、なかなかうまくいかない3人。 しかし、ポケモンと共に成長していくうちに、次第に歩調を合わせられるようになっていく……。