天使、魔族、アンデッド、亜人という四つの圧倒的種族との戦いにおいて、人類は英雄シドの活躍によってのみ勝利を収めた。彼は他の種族の勇者たちを打ち倒し、その軍勢を四つのピラミッドに封印したのである。シドの存在が過去の伝説となった時代、甲斐・サクラ・ヴェントは、かつての敵たちが脱出することを恐れてピラミッドを監視する多くの徴用兵の一人だった。 友人であるジャンヌ・E・アニスと平和な日々を過ごしていたある日、世界は突然「上書き」され、甲斐は別の現実へと飛ばされる。そこでは人類が魔族によってほぼ滅ぼされ、潜伏を余儀なくされていた。さらに悪いことに、彼の存在そのものがこの世界から消し去られており、現地のレジスタンスを率いるジャンヌを含むすべての友人たちが彼のことを忘れていた。 かつての世界の痕跡を調査しようとする甲斐は、ピラミッドに囚われた謎めいた少女・輪音（リンネ）と出会う。不思議なことにシドの伝説の剣・コードホルダーを継承した甲斐は、何とか輪音を解放することに成功する。この現実を正すことを決意した甲斐は、輪音やジャンヌと手を組み、人類を魔族の支配から解放すべく動き出す。しかし、勇敢な兵士が元の世界に戻る機会を得るためには、まず現実を神秘的に改変した原因を解明しなければならない。 [Written by MAL Rewrite]