物語の舞台は架空の惑星――元星（birthigin）に設定されている。この若き惑星において、人類の未知への憧れは理性や恐怖によって止まることはなく、幾度もの進化と変革を経て、人類が創造主に挑み続けた行為はついに矛盾を激化させた。それぞれの理想のために争う人々は、信仰を筆墨に代え、平和な時代に終止符を打つと同時に、惑星の怒りに火をつけ、紫霧危機（purple fog）の勃発を招いた。人類が生存の危機に直面する中、エリート階級が進めてきたn.s.p.計画は一時的に挫折するが、「ナノコア（nanocore）」の介入によって「彼」の誕生を迎える。エリート階級が人類兵器の未来の進化方向と見なすはずだったこの存在は、自らの運命の束縛から解き放たれ、信仰を失った土地へとやってきた。「彼」は成長の中で選択をし、選択の中で次第に成長し、元星の濁った未来もそれによって変化していく。