シーズン13では、エージェンシーはIIA（国際情報機関）として知られるスパイ複合企業に買収された。アーチャーと仲間たちがファビアンのために奇妙な任務をこなしながら自らのアイデンティティを模索する中、ひとつの疑問が浮上する：彼らは独立を維持できるのか、それとも企業の上位組織に屈してしまうのか？