天海春彦は、七咲町という街にある紫雲高校に通う高校生である。七咲町には「ギフト」と呼ばれる魔法の願い事に関わる、未知の虹が常に街を見下ろしている。ギフトとは、二人の人間の間で一度だけ贈られる贈り物である。 幼い頃、春彦は幼なじみの霧乃と親しかったが、やがて義理の妹となる里歩を迎える。春彦は里歩と強い絆を育むが、春彦の父親が二人を養えなくなったため、悲しい別れを経験する。 時が経ち、里歩はついに七咲町に戻ってくる。そして霧乃と共に、春彦の通う紫雲高校に入学する。物語は、これらの主人公たちの関係を中心に展開し、ギフトと虹にまつわる真実をゆっくりと明らかにしていく。