「シャーマンファイト」は500年に一度開催され、勝者は全てを司るグレートスピリット（精霊王）を手にすることができる。主人公の麻倉葉は参加する意思はなかったが、麻倉家の末裔として出場し、双子の兄であり、かつての先祖でもある麻倉葉王がグレートスピリットG.S（精霊王）を獲得するのを阻止しようとする。麻倉葉王はシャーマンだけの世界を創ろうとしていたからだ。その旅の中で、麻倉葉は中国出身のシャーマン・道蓮、北海道出身の轟隆轟隆、イギリス出身のリゼルグ、アメリカ出身のチョコラブ・マクダネルらと出会い、共にシャーマンキングを目指して進んでいく。 アニメは中盤以降、漫画とは異なる展開をたどる。