西暦はT.C.4767。人類が故郷である地球を捨ててから、四千年の歳月が流れた。敵対的な異星体グノーシスに悩まされ続ける人類は、生存を脅かすこの脅威に対抗する手段を模索していた。ベクターの技師、卯月紫苑によって開発された特殊アンドロイド・KOS-MOSは、その脅威への一つの答えであった。しかし、彼らが乗る艦船がグノーシスによって破壊されたとき、紫苑と仲間たちは、明確な陣営の見えない戦いの只中に放り込まれることになる。