天箕博士と彼の研究チームが原子衝突実験を行っていた時、突然、実験装置から二筋の光が放たれ、見学に来ていた天箕博士の娘・クラウ（12歳）を直撃した。少女の体は分解されたが、すぐに光の中で人型を取り戻した。 　　しかし、目の前の少女が振り返って天箕博士に最初に言った言葉は、「私は……リナックスです」だった。 　　――10年後、クラウは「エージェント」として一人暮らしをしていた。 　　そして22歳の誕生日、リナックスの光がクラウの体内から溢れ出し、クラウが「対」と呼ぶ少女が現れた。 　　リナックスはその少女にクリスマスと名付け、二人は寄り添いながら一見平穏な日々を送り始める。 　　しかし、ある組織がリナックスの特異な能力に目をつけ、虎視眈々と彼女を手に入れようと狙っていた。 　　いわゆる「リナックス」は、「分解」と「再構成」の能力を持ち、遭遇した物質を原子に変換する。一度溢れ出せば、全世界に計り知れない影響を与えるため、政府はこの物質を抹殺することを決定し、クラウとクリスマスはその第一目標となる。 　　しかし、物語はまだ始まったばかりだ。