遥か彼方の連邦前哨基地フォート・ケイシーがバグの襲撃を受ける。高速攻撃艦アレシアのチームは、フォート・ケイシーに駐留する宇宙艦ジョン・A・ウォーデンが生存者と共に撤退し、軍事情報を地球へ無事持ち帰るのを支援する任務に就く。超常戦争省の長となったカール・ジェンキンスは、アレシアとの合流前に同艦を秘密任務に就かせ、星雲の中で消息を絶つ。今、戦練を積んだ兵士たちは、彼らが想像し得るものよりもはるかに陰惨な結末へと導かれるかもしれない救出任務を命じられる…