コンピュータネットワークを管理する巨大ホスト・クローサは、人間が独立して思考できることを妬み、歪んだ意識を生み出し、さらには人類を支配しようと企んでいた。幸い、クローサを開発した犬養博士はその計画に気づき、クローサを再修正できる八つの「ガーディアンソフト」を開発した。その後、ガーディアンソフトIRと出会った中学生・春日ユイは、ネットワーク世界に送り込まれ、ガーディアン・ユイに変身。ガーディアンソフトたちと共に、クローサを初期化する使命を担うことになる。