12歳の洲原ミサキは、電子人形「天使」を使った対戦ゲーム「エンジェリックレイヤー」に足を踏み入れたばかり。初心者ながらも驚異的な才能を発揮するミサキは、新たな友人たちと出会い、エンジェリックレイヤーのトーナメントに参加。全国の強豪たちと激戦を繰り広げていく。