慶長19年、73歳の徳川家康は三代目将軍継承者の人選に悩んでいた。愚鈍な兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か。この乱世に、三代将軍の継承問題は二大忍術宗家——甲賀流と伊賀流に委ねられることとなった。家康は両家からそれぞれ10名ずつ最優秀の忍者を選び出し、生死をかけた対決を行わせることを決断。生き残った一派は千年の栄禄を得て、支持する継承者を将軍に据えることができるという。 甲賀頭領・甲賀弾正と伊賀頭領・阿幻は、家康の黙認のもと、先代・服部半蔵の調停で結ばれた「不戦条約」を自らの手で破棄。両派は瞬く間に死闘へと突入する。そして弾正の孫・弦之介と、阿幻の孫娘・朧は、婚約を捨て、愛する者を殺すために戦わなければならなくなる……