岩木友紀は、年上の女性が好きな、ごく普通の15歳の少年。たまたま憧れていた担任の教師が結婚することになり、失意のうちに帰宅すると、自宅にはリゼルという12歳の少女がいた。彼は日本政府によって、本人の意思に反してこの少女と結婚させられていたのだ。さらにリゼルは普通の少女ではなく、生化学的に設計された人造人間であることが判明する。彼女の創造者たち（彼女が「パパ」と呼ぶ者たち）は、リゼルを岩木家に住まわせる代わりに、彼の両親が抱える多額の債務を帳消しにすることを約束する。こうして、岩木とリゼルの共同生活が始まった。