ジム・ホーキンスは、ある出来事をきっかけに、かつて恐れられた海賊フリント船長の伝説の宝を求める旅に出る少年である。宝島へ向かう途中、ジムの親友であるジョン・シルバーが船の指揮を掌握し、彼自身がかつてフリントの右腕であった冷酷な海賊であるという正体を明かす。裏切られたと感じたジムは、今、複雑な想いと向き合い、なおもジムを友と考えるシルバーと対峙しなければならない。