松本零士のSFワールドを代表する名キャラクターの主演アニメ第一弾。少女まゆや敵役・切田長官らアニメオリジナルの登場人物も物語の幅を広げた。西暦2977年。腐敗した体制の地球を、美女の姿をした異星の植物人間マゾーンが狙っていた。人類の未来のため物資の強奪とその備蓄を図る宇宙海賊ハーロックとその四十余名の仲間。彼らはマゾーンの侵略に気づき、孤高の戦いを開始する。だがマゾーンと人類の間には意外な秘密が……。