300年前、遺伝子実験の失敗により、地球上の全ての森が変異を遂げた。自我を持った植物は人類滅亡を目論み、その戦いは惑星を地獄のようなディストピアへと変えた。 現在、少年アギトは父と共に、隣接する森と不安定な休戦を保つ中立都市という村で暮らしている。ある日、水汲みの途中で友達とはぐれたアギトは、過去の遺物である謎の装置の中で眠る少女を発見する。 アギトは少女トゥーラ＝クム＝サクルを目覚めさせ、村に紹介する。しかし、地球を再生する鍵を握る彼女を狙う外部勢力が存在した。森の破壊を執念とする旧世界の兵士シュナックに唆され、トゥーラはアギトの警告にも関わらず彼に従う。トゥーラを救い、人類と森の共存を実現するため、アギトは森の力を借りて彼女を追う。 [Written by MAL Rewrite]