十数年前、巨大な魔獣・九尾が仮面をかぶった謎の男忍者によって解き放たれた。九尾は木ノ葉隠れの里を襲撃し、壊滅の危機に瀕した里を守るため、四代目火影は自らの命を犠牲にして、九尾を生まれたばかりの息子・うずまきナルトに封印した。 時は流れ、恐怖の忍者集団・暁のメンバーが突如として木ノ葉隠れの里を襲撃する。ナルトたちは任務中に暁のメンバーを撃退し、里の人々から称賛されるとともに、上忍推薦書を提出する機会を得た。周りの者たちが皆、親に推薦書を書いてもらっているのを見て、寂しさと焦りを感じていたナルトの前に、突然マダラが現れ、無限月読の実験的な忍術で彼を別世界へと送り込んだ。 鏡の中の世界のようなその場所で、ナルトはこの十六年間、一度も叶わなかった家族と共に暮らす夢を実現する。この不気味な場所から一刻も早く離れなければならないと分かっていながらも、ようやく手にした家族の絆を捨てきれないでいた。 一方、マダラは機会をうかがい、十六年前にナルトの両親の命を奪ったあの天地を揺るがす九尾捕獲戦を再現しようとしていた。あの感傷的で苦痛に満ちた記憶が、再び大銀幕に蘇る。そして、月読の幻術世界に現れた謎の人物――仮面の男の正体が、今、明らかになろうとしている……。