江戸時代、3つの謎の宇宙カプセルが地球に送り届けられた。これが地球に混乱をもたらすことを恐れた当時の人々は、3つの物体を地中深くに埋め、その記述図を神威家に託した。時は流れ現代、それら3つの物体は次々と目覚め始める。最初に覚醒したゼノン・ガーディアンの一体、トライゼノンは今、神威家の末裔である神威アキラとその兄・神威アイ、そして友人・神威カンナによって駆られる。地球に降り立った目的を持つ異星人たちは、今、トライゼノンと対峙することとなる。