数年前、巨大な隕石が地球に落下した。その中から、宇宙人のものと思われる謎のカプセルが発見される。「ブラックボックス」と名付けられたそれは、国際機関「プロジェクトBB」を設立して研究が進められていた。 プロジェクトBB本部にほど近い学校、インターナショナル・アカデミーに通う吉村学を含む8人の少年は、教師・羽柴塔吉の「単位をやる」という甘い言葉に誘われ、彼の実験に協力することになる。その実験とは、隕石内部に発見された8つの空洞「チェンバー」へと入ること。羽柴の説によれば、この隕石は強い人間の思念に強く反応するという。彼は少年たちに「カッコいい巨大ロボット」を明確にイメージするよう指示する。そうすれば、何かが起こるはずだ……と。 その時、空に巨大宇宙船が出現し、ウェルクリィと名乗る宇宙人の立体映像が現れる。彼はプロキマシ星から来たと告げ、超神族の隕石を回収に来たと言う。もし引き渡さなければ、地球人に戦いを挑むと宣言する。予想外の事態に混乱する学たちだったが、隕石は彼らの思念に反応し、突如として巨大ロボットへと変形を始める。そして、侵攻してきたプロキマシのロボットに攻撃され、彼らは力を合わせて戦うことを余儀なくされる。しかし、8人の意志を一つに合わせるのは極めて難しく、ロボットは思うように戦えない。羽柴が「ガクセイバー」と名付けた巨大ロボットと、学たち8人は、プロキマシの侵略から地球と隕石を守り切ることができるのか？