「ようこそ実力至上主義の教室へ」第3シーズン。 高度成長戦略を掲げる学校法人・高度育成高等学校。その実態は、完全なる実力主義によって学生たちを序列化する実験場であった。Dクラスに落とされた主人公・綾小路清隆は、天才的な頭脳を隠しつつ、クラスの底辺から這い上がることを画策する。 新たな学期が始まり、一連の特別試験を経て、クラス間の戦いはさらに激化する。Aクラスへの昇格を目指すDクラスは、新たな課題と対峙することになる。個人の能力が試される「混合合宿試験」、そしてクラスの団結が問われる「文化祭」――。綾小路は、引き続き黒子として暗躍し、時に冷酷な判断でクラスを導いていく。 しかし、彼の思惑とは別に、クラスメートたちは成長し、それぞれの意志を持ち始める。軽井沢恵、堀北鈴音、平田洋介、そして一之瀬帆波や坂柳有栖といった他クラスの強敵たちとの駆け引きも、より複雑かつ熾烈なものとなる。 果たしてDクラスは頂点を目指せるのか。そして、完全なる実力主義の教室で、綾小路清隆が最終的に目指すものとは――。全ての思惑が交錯する、学園階級闘争クライマックス。